Juan José Manauta nació en Gualeguay, Entre Ríos. En 1938 decidió ir a vivir a La Plata para estudiar Letras en la universidad, carrera que finalizó en 1942. En 1944, proscripto, se instaló en Buenos Aires, donde residió de modo definitivo. Siempre ligado a su ciudad natal, mantuvo vínculos con importantes escritores oriundos del lugar como Juan L. Ortiz, Carlos Mastronardi y Amaro Villanueva.
Su producción literaria fue acompañada por la militancia en el Partido Comunista, del que tuvo un progresivo distanciamiento a partir de la década del sesenta. Inspirado en referentes del realismo como Máximo Gorki, en sus ficciones abordó problemáticas sociales, como en Las tierras blancas, libro que fuera llevado al cine por Hugo del Carril en 1959. Conocido por sus novelas y cuentos, Manauta también escribió poesía, ensayos y guiones cinematográficos. Su primera publicación fue el poemario La mujer de silencio, (1944), a la que siguieron las novelas Los aventados (1952), Las tierras blancas (1956), Papá José (1958) y su segundo poemario, Entre dos ríos (1958). En los años 60 y de ahí en más consolidó su obra narrativa con textos como Cuentos para la dueña dolorida (1961), Puro cuento (1971), Los degolladores (1980), Disparos en la calle (1985), Mayo del ´69 (1995), Colinas de octubre (1995), El llevador de almas (1999) y Cuentos completos (2006), entre otros. En su fase periodística, se destacó su labor en la revista Hoy en la Cultura (1961-1966), iniciativa liderada por Pedro Orgambide, Raúl Larra y David Viñas. A lo largo de su vida fue distinguido con numerosos galardones y formó parte de instituciones ligadas al mundo literario como el caso de la SADE.
Luego de su fallecimiento en abril de 2013, el archivo personal de Manauta fue conservado por su esposa, Lucía Montero y por sus hijas mayores Leticia y Adriana, quienes en 2017 lo donaron a la Biblioteca Nacional. Actualmente se encuentra disponible para la consulta en el Departamento de Archivos de la institución.